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2022-789538 - Bio-informaticien-ne (H/F)

jeudi 6 janvier 2022

Domaine fonctionnel : Prévention, conseil et pilotage en santé/Spécialiste en biologie médicale
Nature de l'emploi : Emploi ouvert uniquement aux contractuels
Description du poste :
Le/la Bio-informaticien-ne aura pour mission principale d'assurer les développements associés à l'interprétation et l'intégration des données cliniques et omics dans le cadre d'un protocole clinique national. Il/elle aura également pour mission de développer et maintenir la structuration / standardisation des données et l'automatisation des flux. Activités principales : - Développements pour l'intégration et l'interprétation des données; - Création de scripts pour automatiser les flux de données dans le cadre de l'intégration de données génétiques, génomique et transcriptomique menées par les équipes de biologie moléculaire; - Gestion, manipulation, contrôle de cohérence et mise à jour des résultats de séquences NGS (ExomeSeq, RNAseq) associés aux données cliniques; - Participation aux Réunions de Concertation Pluridisciplinaires des patients inclus dans le protocole clinique; - Formation des utilisateurs aux outils développés; - Documentation, tests et débogage des scripts et logiciels.

Connaissances : - Concepts et terminologies de la biologie et de la génétique des tumeurs (mutations somatique, altérations de nombre de copies chromosomiques, gènes de fusion, …). - Nomenclature HGVS des variants. - Notions sur les terminologies et la standardisation des données cliniques et omics sont un plus. - Langage de programmation Python (principalement), web (HTML, javascript, css), bash. - Gestion de la Version du code avec GIT. Savoir-faire : - Bonne pratiques de développement de script Python, tests et version (Git) du code. - Débogage et documentation du code. - Conception, exécution et suivi d’un plan d’activités bio-informatiques. - Utilisations d’API. - Communication des résultats bio-informatiques dans un langage compréhensible pour les équipes de biologie moléculaire. - Travail sous environnement Linux. Aptitudes : - Consciencieux(se) et rigoureux(se). - A l’écoute. - Communicant(e). - Esprit d’équipe. - Sens du service. - Appétence pour les données. - Forte capacité d’interaction avec les biologistes, cliniciens utilisateurs des outils développés. Expérience souhaitée : Expérience dans un poste similaire de 2 à 3 ans. CDD de 23 mois.
Niveau d'études : Niveau 6 Licence/diplômes équivalents

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